武汉惠华三农种业有限公司，由新疆科润惠华农业科技有限公司、科学院微生物研究所、武汉华中农大资产经营有限公司通过公司重组设立。
原公司创始于2005年，由华中农业大学技术入股和自然人团队共同出资成立。适应种业新形势发展要求，2012年公司进行了系列重组，吸收合并河南科润生物技术有限公司，与阿克苏科润种业有限公司重组设立新疆科润惠华农业科技有限公司，全资收购荆州广源种业有限公司及荆州优质油菜开发中心。
重组后的武汉惠华三农种业有限公司注册资本5000万元，初步形成了一个以水稻、棉花、油菜种子三个产品线育、繁、推一体化为支柱产业的，拥有的分子实验平台、规模化的育种试验基地、农场化的种子生产基地、现代化的加工仓储设施和完善的营销服务网络的，初具规模的性的现代种业集团。